豆制品廢水有機物含量高，可生化性強，屬于高濃度廢水。廢水的污染物大都為可降解有機物，可生化性達到0.6-0.7，廢水的C:N:P平均為100:4.7:0.7，適合微生物的生長，對于該類型的廢水的處理關鍵是選擇合適的處理工藝和相關參數的合理設計是至關重要的。
豆制品廢水處理工藝選擇應根據廢水的水質、排放標準及企業的具體情況進行綜合分析對比后確定，通常包括三個組成部分：一是預處理，目的是去除廢水中的懸浮物和浮渣，采用的方法以物化為主，如篩網、沉淀、混凝沉淀、氣浮等；二是生物處理，這是整個處理工藝的核心，通過微生物的新陳代謝作用，分解廢水中溶解性有機物，常用的方法有活性污泥法，如A/O工藝、A2/O工藝、生物接觸氧化法、氧化溝、淺層曝氣等。厭氧生物處理方法主要有水解酸化、MIC、厭氧濾池等，結合我們多年的工程經驗，確定工藝為“一般預處理（篩網+氣浮+調節）+厭氧（高效厭氧反應器+SST）+好氧（強化脫氮）+深度處理（根據排放要求選用）”。